第二代多肽合成儀誕生在上世紀八十年代。
 

　　代表產品是Protein Technologies公司推出的PS3 Peptide Synthesizer以及Advanced ChemTech公司推出的ACT peptide synthesizer Model 90。
 

　　標志性特點是溫和反應法合成多肽，一般可分為單純氮氣鼓泡和搖動式兩種。第二代多肽合成儀PS3 的設計原理是采用氮氣鼓泡的反應方式來對反應物進行攪拌，即合成儀上反應器是固定的，氮氣從反應器的下方通過反應器到上部排出，在這一過程中產生的汽泡把固相和液相混合起來。
 

　　這樣設計的好處是結構簡單，成本低，但反應相對溫和:1)有時候多肽-固相載體在靜電作用下會"抱團"，使其不能與液相充分混合，在這種情況下需要調高氮氣的壓力以消除靜電作用;
 

　　而在靜電作用消除后要把壓力立刻調低，不然的話較高的壓力會把多肽-固相載體"吹"到反應器液面上方。
 

　　由于多肽-固相載體具有較強的粘壁性，一旦被粘到反應器液面上方就再也無法下來，也就是無法再參加反應。顯然一代機器是無法自動作這樣的壓力調整的，這就是造成反應"死角"的重要原因。
 

　　反應死角會降低多肽合成的效率和多肽的純度，有的甚至造成合成的失敗。
 

　　2)長時間氮氣鼓泡會使溶液揮發，液面降低后一部分多肽-固相載體就粘在液面上方，也無法再參加反應。
 

　　3)氮氣消耗量大，運行成本增大。 A
 

　　CT90的設計原理是反應器在直立下圍繞原點作左右擺動，或者圓周運動。ACT的多肽合成儀同樣具有反應溫和的特點，即轉動角度與速度都不能夠*達到氨基酸耦合的極限，反應往往需要更長的時間。